La Gravina di Matera, a partire dal 1995, è inclusa nel S.I.C. (Sito di importanza comunitaria) e Z.P.S. (Zona di Protezione speciale) “Gravine di Matera” inserito nella Rete Natura 2000.
L’area viene inquadrata anche come Area Naturale Protetta denominata “Parco Archeologico storico naturale delle chiese rupestri del materano” ai sensi della LEGGE REGIONALE N. 28 DEL 28-06-1994 e sulla scorta della deliberazione del Comitato delle aree naturali protette del 21-12-93 pubblicato sulla GU del 16-3-94. Il SIC Gravine di Matera è ricompreso nel “Parco Archeologico Storico Naturale delle Chiese Rupestri del Materano”.
Il territorio del SIC “Gravine di Matera” ha tipologie molto ben caratterizzate e omogenee con la presenza di habitat di interesse comunitario. A livello di geosigmeto, anche gli habitat meno frequenti sono fortemente correlati agli altri, si tratta infatti di tipologie di vegetazione e ambienti tipici delle aree carsiche mediterranee che costituiscono habitat ricchissimi per varietà di comunità animali e vegetali. Le conoscenze erpetologiche maturate anche grazie al progetto Life Natura IT/99/6279 “Verifica della Rete Natura 2000 in Italia: modelli di gestione”hanno evidenziano come l’area in questione sia, insieme al Gargano, una delle più ricche del meridione d’Italia. Particolarmente interessanti sono la presenza di specie di origine balcanica come il Geco di Kotschy (Cyrtodactylus kotschyi) ed il Colubro leopardino (Elaphe situla), nonchè la Testuggine comune (Testudo hermanni). Gli habitat presenti sul fondo delle gravine, caratterizzati nei mesi più piovosi dalla presenza di raccolte di acqua temporanea, sono il rifugio ideale di numerose specie di anfibi altrimenti rari, come l’Ululone appenninico (Bombina pachypus), il Tritone crestato meridionale (Triturus carnifex), il Tritone italico (Triturus italicus), la Raganella italiana (Hyla intermedia) e alcuni rettili quali il Cervone (Elaphe quaturlineata).
Dall’analisi della check-list realizzata si evince la elevata biodiversità per la fauna minore e la necessità di realizzare le iniziative idonee per la conservazione degli habitat e specie. In particolare sono state rilevate 7 specie di Anfibi, 16 specie di Rettili.